Joe Higan adalah seorang Nukenin - mantan ninja yang kabur dari klan-nya dan sembunyi dari masa lalu brutalnya di pedesaan Amerika bersama dengan keluarganya. Suatu malam, dia disergap oleh sekelompok pembunuh dari organisasinya yang dulu dan meminta balasan darah pada Joe dan keluarganya karena telah mengkhianati kode kuno mereka. Bangkit dari "kematian"-nya, Joe akan muncul kembali sebagai dirinya yang dulu - Ninja Kamui - untuk membalaskan dendam keluarga dan rekannya. Kamui adalah ninja di abad 21, anakronisme bayangan yang menerapkan teknik kunonya pada persenjataan teknologi tinggi dengan kehandalan yang brutal. Dia harus menghadapi pembunuh terlatih, cyborg petarung, dan ninja rivalnya untuk menjatuhkan klan yang telah menciptakan dirinya.