Dengan adanya pergerakan kemerdekaan dan agresi oleh Blue Cosmos, demi menenangkan situasi, agensi pengawas perdamaian global bernama COMPASS diciptakan, dengan Lacus debagai presiden pertamanya. Sebagai anggota COMPASS, Kira dan teman-temannya harus turut campur dalam peperangan antar beberapa wilayah. Lalu, sebuah negara yang baru diciptakan bernama Foundation mengusulkan kerja sama untuk melawan Blue Comsos.