Perwira Pasukan Bela Diri Jepang (JSDF) yang sedang tidak bertugas dan otaku Youji Itami sedang dalam perjalanan untuk menghadiri konvensi doujin di Ginza, Tokyo ketika sebuah portal misterius berbentuk gerbang besar tiba-tiba muncul. Dari gerbang ini, makhluk supernatural dan pejuang yang mengenakan baju besi abad pertengahan muncul, menyerbu kota, membunuh dan menghancurkan segala sesuatu yang menghalangi jalan mereka. Dengan tindakan cepat, Youji menyelamatkan nyawa sebanyak yang dia bisa sementara anggota JSDF lainnya mengarahkan upaya mereka untuk menghentikan invasi. Tiga bulan setelah serangan itu, Youji ditugaskan memimpin tim pengintaian khusus, sebagai bagian dari satuan tugas JSDF, yang akan dikirim ke dunia di luar gerbang—sekarang disebut sebagai "Wilayah Khusus". Mereka harus melakukan perjalanan ke dunia yang tidak dikenal ini untuk mempelajari lebih lanjut tentang apa yang mereka hadapi dan berusaha berteman dengan penduduk setempat dengan harapan dapat menciptakan hubungan damai dengan kerajaan yang berkuasa. Namun jika gagal, mereka menghadapi konsekuensi ikut serta dalam perang dahsyat yang akan melanda kedua belah pihak.