Cerita akan berseting di tahun 2020 dan akan diisi dengan cerita baru yang berbeda dengan serial sebelumnya. Anak kelas lima SD bernama Taichi bersiap melakukan perkemahan libur musim panas, namun ibu dan adiknya bernama Hikari pergi ke Shibuya menaiki kereta yang lepas kendali dan tak bisa dihentikan. Taichi bergegas pergi ke Shibuya untuk menyelamatkan ibu dan adiknya, namun saat dia hendak melangkah ke stasiun, sebuah fenomena aneh menipanya, Taichi pun dibawa pergi ke Dunia Digital! Dan di sana para anak terpilih bertemu dengan patner Digimonnya, dan mereka harus menghadapi petualangan yang belum pernah mereka ketahui sebelumnya.