Boukyaku Battery adalah cerita tentang sepasang pemain baseball terkenal yaitu pitcher (pelempar) jenius, Haruka Kiyomine dan catcher (penangkap) handal, Kei Kaname yang juga dikenal sebagai "Jenderal". Selama masa liga senior mereka, mereka cukup berbakat untuk tidak hanya menang, tetapi juga menghancurkan harapan dan impian banyak pemain SMP yang mereka lawan. Namun, Kaname kehilangan ingatannya dan keduanya masuk ke SMA Kotesashi, sebuah SMA tidak terkenal. Di sekolah yang sama, mereka bertemu dengan beberapa pemain berbakat yang berhenti bermain baseball setelah melawan mereka di SMP. Ini adalah kisah pertemuan mereka di klub baseball yang baru didirikan untuk bermain baseball lagi.