Sebentar lagi, air laut yang tiba-tiba naik akan membuat sebagian besar peradaban manusia tenggelam. Ikaruga Natsuki, seorang anak laki-laki yang kehilangan ibu dan kakinya dalam sebuah kecelakaan beberapa tahun sebelumnya, pulang dengan rasa kecewa dari kehidupan yang keras di kota besar dan menemukan rumah pedesaannya yang sudah ditelan laut. Karena tidak memiliki keluarga, yang ia miliki hanyalah kapal dan kapal selam peninggalan neneknya yang seorang ahli kelautan, serta hutang-hutangnya. Satu-satunya harapannya untuk mengembalikan impian masa depan yang telah hilang adalah dengan mengambil kesempatan yang diberikan oleh penagih utang yang mencurigakan, Catherine. Mereka berlayar untuk mencari reruntuhan laboratorium neneknya yang tenggelam untuk menemukan harta karun yang menurut rumor ditinggalkan di sana. Namun, yang mereka temukan bukanlah harta atau perhiasan, melainkan seorang gadis aneh yang tertidur di dalam peti mati di dasar laut. Atri. Atri adalah sebuah robot, tapi penampilan dan emosinya membuat orang lain tertipu dan akan mengira kalau dia adalah manusia sejati. Sebagai rasa terima kasih karena sudah diselamatkan, dia membuat janji pada Natsuki: "Aku ingin memenuhi perintah terakhir Masterku. Setelah itu, aku akan menjadi kakimu!" Di sebuah kota kecil yang perlahan-lahan ditutupi oleh lautan, hari yang tak terlupakan akan segera dimulai bagi laki-laki ini dan juga bagi si gadis robot misterius ini...