Terlepas dari kekalahan Quinella – pontifex Gereja Axiom – hal-hal belum tampak tenang. Setelah menghubungi dunia nyata, Kazuto “Kirito” Kirigaya mengetahui bahwa Kura-Kura Laut — pelampung raksasa yang dikendalikan oleh Rath — digerebek. Karena korsleting tiba-tiba yang disebabkan oleh perampok, fluctlight Kirito rusak, membuatnya koma. Merasa tidak aman tentang orang-orang di Gereja Axiom, Alice membawa Kirito yang tidak sadar kembali ke kota asal mereka — Desa Rulid, mengabaikan pengusirannya karena kejahatan yang tidak terselesaikan. Sekarang, Alice menjalani kehidupan yang biasa dan damai di dekat desa, berharap Kirito bangun.

Namun, tragedi terjadi ketika Alice mengetahui bahwa Dark Territory sudah mulai menginvasi Kekaisaran Manusia. Mengembalikan nama samaran sebelumnya, Alice Synthesis Thirty, dia berjanji untuk mengalahkan Wilayah Kegelapan untuk mempertahankan dunia sehingga Kirito dan Eugeo bekerja sangat keras untuk melindungi.