Selama tiga tahun terakhir, Sekolah Menengah Teikou telah mendominasi kancah basket nasional dengan jajaran pemain legendarisnya: “Generasi Keajaiban.” Tim ini terdiri dari lima pemain ajaib yang unggul dalam olahraga tersebut, tetapi “Phantom Sixth Man” mengintai di balik bayang-bayang dan membantu tim tersebut meraih status yang disegani. Akhirnya, pertumbuhan mereka yang luar biasa membuat mereka jenuh dengan olahraga yang mereka cintai dan membuat mereka berpisah di sekolah menengah atas.

Dalam upaya mencari anggota baru, tim basket Sekolah Menengah Atas Seirin merekrut Taiga Kagami dan Tetsuya Kuroko, dua mahasiswa baru yang tampaknya memiliki perbedaan kemampuan yang signifikan. Baru saja kembali dari Amerika, Kagami memiliki bakat alami dan kecintaan yang tak kenal lelah terhadap olahraga. Sementara itu, Kuroko kurang memiliki aura dan tidak menunjukkan bakat atletik yang menonjol. Akan tetapi, kemudian terungkap bahwa ia adalah Phantom Sixth Man dari Teikou—pemain yang pernah menjadi bagian dari Generation of Miracles.

Kuroko ingin membuktikan kepada tim Seirin bahwa ia kuat dengan caranya sendiri. Melihat keyakinannya, Kagami membentuk kemitraan yang dinamis dengan Kuroko, yang terakhir berjanji untuk mendukung “cahaya” Kagami sebagai “bayangannya.” Bersama rekan satu tim Seirin mereka yang baru, mereka bertujuan untuk menaklukkan kejuaraan Interhigh yang akan datang, tetapi kemunculan kembali mantan rekan satu tim Kuroko mempersulit rencana mereka.