Setelah menyelamatkan gurunya, Rias Gremory, dari Celah Dimensi, Kaisar Naga Merah dan calon Raja Harem Issei Hyoudou akhirnya dapat kembali ke kegiatan sekolah menengahnya bersama sesama anggota Klub Penelitian Ilmu Gaib: Yuuto Kiba, Asia Argento, Xenovia Quarta, dan Irina Shidou. Kelompok tersebut segera memulai perjalanan sekolah ke Kyoto.

Saat mengunjungi kuil dengan damai berkat mantra Rias, sekelompok youkai lokal yang menyerang memecah suasana tenang. Setelah pertengkaran berakhir, klub mengetahui bahwa rubah berekor sembilan yang melindungi kota telah diculik dan seseorang telah menjebak mereka atas tindakan tersebut. Issei dan teman-temannya sekarang harus berjuang untuk melindungi kota dan menyelamatkan perjalanan sekolah mereka dari bencana yang direncanakan!

Sementara itu, Rias, yang harus tinggal di Tokyo bersama Akeno Himejima dan Koneko Toujou, semakin gelisah karena telah meninggalkan Issei yang mesum sendirian dengan gadis-gadis lain dari Klub Penelitian Ilmu Gaib. Di luar kecemasan samar ini, apa sebenarnya hakikat perasaan yang dialami Rias selama beberapa bulan terakhir?