Edward Elric, seorang alkemis muda yang brilian, telah kehilangan banyak hal dalam dua belas tahun hidupnya: ketika ia dan saudaranya Alphonse mencoba menghidupkan kembali ibu mereka yang telah meninggal melalui tindakan transmutasi manusia yang terlarang, Edward kehilangan saudaranya serta dua anggota tubuhnya. Dengan keterampilan alkimia yang luar biasa, Edward mengikat jiwa Alphonse ke baju zirah yang besar.

Setahun kemudian, Edward, yang sekarang dipromosikan menjadi alkemis logam penuh negara, memulai perjalanan dengan adik laki-lakinya untuk mendapatkan Batu Bertuah. Objek mistis yang terkenal itu dikabarkan mampu memperkuat kemampuan seorang alkemis dengan pesat, sehingga memungkinkan mereka untuk mengesampingkan hukum dasar alkimia: untuk mendapatkan sesuatu, seorang alkemis harus mengorbankan sesuatu yang bernilai sama. Edward berharap untuk memanfaatkan sumber daya militer untuk menemukan batu yang terkenal itu dan memulihkan tubuhnya dan Alphonse menjadi normal. Akan tetapi, saudara Elric segera mengetahui bahwa ada sesuatu di balik batu legendaris itu yang tak terlihat, saat mereka dibawa ke episentrum pertempuran yang jauh lebih gelap dari yang pernah mereka bayangkan.